在整体安排上，全书分成两大部分：基因组学概论与基因组的生物学。基因组学概论的内容涵盖基因组学的源流和相关基础知识、基因组学的主要理念和概念，基因组研究、分析的主要内容、方法和技术，基因组学的发展趋势，以及新的学科或分支，如合成生物学，EPI基因组学，META基因组学，特别是生命伦理学的介绍等等。基因组的生物学则介绍至2013年5月31日已报道的已测序的生物物种的基因组学主要特点，重在介绍新发现的亮点，以反映基因组学作为生命科学的基础和新起点的学科特点。