本书共19章。详细介绍了以下内容：不同类型环境，包括海水环境、低温及碱性极端环境、植物内生环境等样本的DNA/RNA提取及宏基因组文库构建技术；从核酸、脱氧核酸、蛋白质三个角度分析环境微生物代谢活性；通过宏基因组测序获得功能基因分类及多样性的方法；从基因组学技术层面介绍复杂微生物群落的研究方法，以及挖掘活性基因（如有机物降解基因）及其表达的技术与工具；高通量地筛选活性酶基因如水解酶、纤维素酶、新型PHA代谢酶、磷酸酶、氢化酶、N-AHSL干扰酶等的方法；如何挖掘增加微生物次级代谢的信号。