赛尔历41年，赛尔号II开启全新冒险旅程。当飞船途径～颗名为“阿卡迪亚”的行星时，飞船被一股神秘的力量所吸引。为了查明飞船搁浅的原因，赛尔号II船长辛迪，决定派遣赛尔小队前往阿卡迪亚星一探究竟!
　 原来，在千年以前，阿卡迪亚星的精灵王约瑟和奎尔斯之间爆发了一场空前的战斗，他们大战了七天七夜，他们所释放出来的能量摧毁了整个世界的骨架，两个精灵王也一同消失了!星球上的大部分原住民和精灵都在一瞬间失去了生命。
   他们分散成精元散落在星球的各个部分，静静等待崇拜他的人民给予他复活的力量!昔日的肉体如今化为一个个部落的守护兽，保护着曾经敬仰着精灵王的人们。精灵部落崇尚和平，赞美精灵王约瑟。萨伦帝国崇尚暴力，企图征服整个星球。而这场战争，也让阿卡迪亚星一分为二——居住在北半球的是赞颂约瑟之名的精灵部落。他们根据当地的气候和环境，衍生出各种文明，热爱精灵、崇尚和平的他们把精灵王约瑟的故事编成了歌曲，代代传诵下去。而居住在南半球的原住民野蛮残暴，他们组建成萨伦帝国，试图通过武力征服北半球。独占全部星球矿石，并毁灭约瑟精灵王的文明。
   赛尔号II——来自火星港的第二艘飞船，降临至传说中的阿卡迪亚星，揭开了精灵王的神秘面纱。在这里精灵依旧是小赛尔们最好的朋友，将与小赛尔们并肩战斗，抵抗邪恶势力妄图侵吞宇宙的野心。

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