王喜军教授在建立中药血清药物化学研究方法的基础上，整合代谢组学的理念和技术，开展中医证候和方剂整体疗效评价及药效物质基础研究，提出中医方证代谢组学这一新的研究方法和技术体系，即用代谢组学进行中医证候生物标志物的确定，通过方剂对证候标志物的影响评价方剂的整体效应；用血清药物化学研究方法研究中药方剂服用后体内的化学成分，并将体内成分与标志物相关联，进而阐明方剂的药效物质基础。中医方证代谢组学是将中药血清药物化学和代谢组学有机结合，在解决证候生物标记物的基础上，建立方剂药效生物评价体系，进而发现与临床疗效直接相关的药效物质基础，阐明作用机制的方法学体系。为中药药效评价及药效物质基础的发现提供了新途径，尤其是建立了挖掘中医药疗效的科学价值，从而使中医药能够与现代科学对话的有效途径。