《当量子理论遇上阳明心学》共分为十四章：量子纠缠与心学，大统一理论与心学，标准粒子模型与心学，飞矢不动的秘密，科学实在论，霍金、爱因斯坦语录，哥本哈根学派以及坚白论，白马论，指物论，名实论和变通论等。孔子、王阳明、公孙龙都是传承儒门真正的心法，本书尝试采用孔门心法，即阳明心学来破解当今物理学的难题。